L'indemnité exceptionnelle  (I.E) est attribuée aux fonctionnaires recrutés avant le 1er janvier 1998 et subissant une perte de rémunération occasionnée par la hausse du taux de la CSG intervenue en 1997 et 1998 et, simultanément, la baisse puis la disparition de la cotisation d'assurance maladie.

En effet, ces deux prélèvements n'avaient  pas la même assiette: la cotisation d'assurance maladie était calculée sur le seul traitement budgétaire alors que la CSG est assise sur l'ensemble des éléments de rémunération, y compris les primes et indemnités.

Cette indemnité correspond donc à la différence entre deux rémunérations calculées en appliquant des cotisations différentes: la rémunération annuelle diminuée des cotisations applicables au 31 décembre 1996 et la même rémunération diminuée de la CSG au taux en vigueur au 1er janvier 1998.

Dans le système informatique de paie, cette indemnité est calculée au mois le mois: les montants varient en fonction des versements de primes et indemnités notamment et peuvent entraîner des montants positifs ou négatifs selon les mois.

Ces ajustements occasionnent chaque mois un calcul de l'IE sur la base des rémunérations versées depuis le mois de janvier, se traduisant sur le bulletin de paie, par plusieurs lignes d'IE (codes I 06 indemnité exceptionnelle" et I 07 "régularisation indemnité exceptionnelle")."